Katedra i Klinika Chirurgii Ogólnej, Gastroenterologicznej i Onkologicznej sięga swoją historią lat 50-tych ubiegłego wieku, kiedy to została powołana pod koniec 1955r., zaś powstała w styczniu 1956r. Katedra i III Klinika Chirurgiczna Akademii Medycznej w Warszawie. Utworzono ją na bazie Oddziału Chirurgicznego VIB Szpitala Dzieciątka Jezus przy Oczki 6. Ordynatorem oddziału był prof. dr hab. n. med. Jan Zaorski – uczeń prof. Ludwika Rydygiera. Prof. Zaorski w czasie okupacji był organizatorem i kierownikiem tajnego nauczania, odbywającego się w prowadzonej przez niego Prywatnej Szkole Zawodowej dla Pomocniczego Personelu Sanitarnego, czyli Szkole Zaorskiego, która z rzeczywistości była tajnym Wydziałem Lekarskim.

Pierwszym Kierownikiem Katedry i III Kliniki Chirurgicznej AM został mianowany doc. dr hab. n. med. Jan Raczyński (od 1959 roku profesor nadzwyczajny), który w latach 1958-1968 był kolejno Prodziekanem, Dziekanem i Prorektorem Akademii Medycznej w Warszawie. Rocznie kształciło się w Klinice 400-600 studentów II kursu medycyny. W 1969 r., po przejściu prof. Jana Raczyńskiego na emeryturę, Kierownikiem Katedry i III Kliniki został mianowany doc. dr hab. n. med. Bruno Szczygieł ,który został profesorem nadzwyczajnym w 1979r, a w roku 1987 uzyskał tytuł profesora zwyczajnego. Stanowisko Kierownika pełnił nieprzerwanie od 1969 r. do 1999r., kiedy to przeszedł na emeryturę.

W 1974r. w związku z powołaniem Instytutu Chirurgii AM w Warszawie Katedra i III Klinika Chirurgiczna AM została przemianowana na Katedrę i Klinikę Chirurgii Gastroenterologicznej. W dniu 15 lipca 1975r. Klinika, jako pierwsza ze wszystkich klinik Instytutu, został przeniesiona do nowych pomieszczeń Centralnego Szpitala Klinicznego przy ul. Banacha 1a, gdzie prowadzi swoją działalność do chwili obecnej.

W 1997r. Katedra i Klinika Chirurgii Gastroenterologicznej została przemianowana na Katedrę i Klinikę Chirurgii Gastroenterologicznej i Żywienia. Po przejściu na emeryturę przez prof. Bruno Szczygła w 1999r. nowym kierownikiem został mianowany dr hab. n. med. Ireneusz Wojciech Krasnodębski (od 2004 roku profesor zwyczajny), który pełni tę funkcję do dziś.

Od 2008r. Klinika funkcjonuje pod nazwą Katedra i Klinika Chirurgii Ogólnej, Gastroenterologicznej i Onkologicznej Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego.

Najważniejsze osiągnięcia lecznicze Kliniki:

• Wprowadzenie do praktyki leczniczej wysoko wybiórczej wagotonii jako metody leczenia przewlekłej choroby wrzodowej dwunastnicy.

• Wprowadzenie do leczenia najcięższych postaci ostrej krwotocznej martwicy trzustki drenażu przewodu piersiowego.

• Rozpoczęcie chirurgicznego leczenia raka trzustki.

• Zwiększenie radykalności postępowania w leczeniu raków przewodu pokarmowego.

• Wprowadzenie całkowitego żywienia pozajelitowego do praktyki klinicznej.

• Wprowadzenie reografii oraz ultradźwięków do diagnostyki chorób naczyń, rozpoczęcie badań z zakresu elektrofizjologii przewodu pokarmowego, ujednolicenie zasad i techniki badania wydzielania żołądkowego.

Działalność naukowa Kliniki koncentruje się na wielu problemach dotyczących chirurgii przewodu pokarmowego oraz żywienia poza- i dojelitowego, w szczególności dotyczy:

• Zwiększenia radykalności postępowania w leczeniu raków przewodu pokarmowego, ze szczególnym uwzględnieniem raka trzustki.

• Poszukiwania nowych czynników rokowniczych, metod diagnostycznych oraz leczniczych w ostrym i przewlekłym zapaleniu trzustki.

• Określania znaczenia markerów biologicznych w ocenie stopnia zaawansowania, radykalności leczenia nowotworów, a także prognozowania dalszych losów chorych po leczeniu operacyjnym.

• Zastosowania terapii biologicznej i leczenia chirurgicznego w nieswoistych chorobach zapalnych jelit.

• Problematyki zakażeń w chirurgii oraz ich skutecznym leczeniu z zastosowaniem najnowszych antybiotyków.

• Leczenia chirurgicznego GIST.

• Oceny przyczyn i częstości występowania powikłań po operacjach na przewodzie pokarmowym.

• Oceny jakości życia chorych po różnego rodzaju resekcyjnych zabiegach operacyjnych.

Od samego początku przy Klinice działa bardzo aktywnie Studenckie Koło Naukowe. Blisko połowa asystentów zatrudnionych w Klinice wywodzi się SKN, nad którym opiekę sprawowali prof. Stanisław Świtka, dr n. med. Jacek Ruciński, prof. Robert Słowiński, a obecnie dr n. med. Waldemar Pawłowski.

Od 1999r. prezesami Koła byli:
Gajusz Gontarczyk (1999 – 2002r.)
Maria Kuś (2002-2006r.)
Tomasz Wójtowicz i Marcin Makiewicz ( 2006-2008 r.)
Katarzyna Suszkiewicz ( 2008-2010 r.)
Agata Kruszyńska ( od 2010 r.)